11 maja 1946 r., tuż przed północą, do mieszkania ks. Rapacza zapukała grupa kilkunastu uzbrojonych mężczyzn, podających się za partyzantów. Po wejściu zamknęli siostrę kapłana w oddzielnym pokoju, jego zaś wyprowadzili. "Ze słowami Fiat voluntas Tua, Domine, opuszczał ks. Michał plebanię. Kilku bandytów pozostało jeszcze na dole i na górze i zapewne na polu, którzy czatowali, aż do godziny 3 po północy, aby nikt nie wychodził z plebanii. [...] Bandyci zaprowadzili ks. Michała do lasku [...] Postawili go twarzą do sosenki, jeden z bandytów uderzył go, stojącego, w tył głowy tępym narzędziem, drugi zaś dał strzał w głowę jego na wysokości oczu, z boku. Tak oszołomiony i zraniony ks. Michał runął całym swym korpusem na ziemię na wznak. A że jeszcze żył, dano w głowę strzał drugi z bliska w samo czoło tak, że czaszka została zgruchotana na kawałki [...] zwłoki ks. Michała znaleźli pasterze już rano ok. godz. 7.30, kiedy pędzili bydło na pastwisko" - opisywał ostatnie chwile zamordowanego kapłana w liście do metropolity krakowskiego księcia Adama Stefana Sapiehy ks. Leon Bzawski z pobliskiej Trzebini.

Kilka miesięcy później, z powodu niewykrycia sprawców, umorzono śledztwo w tej sprawie. Prowadził je funkcjonariusz Urzędu Bezpieczeństwa oskarżany obecnie o udział w zabójstwie krakowskiego działacza PSL, Narcyza Wiatra Zawojny. Nie zachowały się akta sprawy.

Ksiądz Michał Rapacz urodził się w 1904 r. Święcenia kapłańskie przyjął z rąk biskupa Sapiehy i został wikarym w Płokach, a następnie w podżywieckiej Rajczy. Gdy miał ją opuścić, mieszkańcy wysłali list do biskupa z prośbą o zmianę decyzji, gdyż "pozyskał sobie ks. Rapacz pełne zaufanie i przywiązanie nawet najmniej wierzących - stanowił opokę, o którą kruszyły się kopie wszelkich przeciwników, którzy pod jego wpływem nawracali się na łono Kościoła i stawali się wiernymi sługami Boga. Wszędzie, gdzie rzucał słowo Boże, wyrastały nowe pomniki wiary katolickiej". W 1937 r. już jako proboszcz administrator wrócił do Płok. Młody kapłan z żarliwością angażował się w pracę na trudnym duszpastersko terenie. W powiecie chrzanowskim bardzo silne były wpływy lewicy, również komunistycznej. W piśmie do księcia biskupa Sapiehy prosił o zezwolenie na "czytanie książek zakazanych, które z bibliotek Towarzystw Uniwersytetów Robotniczych krążą po wsi, ażeby odpierać zarzuty stawiane w tych książkach przeciw religii i duchowieństwu".

Po wojnie powiat chrzanowski stał się silnym ośrodkiem komunistycznym i znaczącym zapleczem kadrowym dla PPR i UB w województwie krakowskim. Miejscowa organizacja partyjna postulowała nawet przyłączenie Polski do Związku Sowieckiego. KC PPR musiał studzić te zapędy. "Ten tutejszy zakątek jak żaden inny w diecezji krakowskiej jest mocno zaczerwieniony, a ta czerwoność dochodzi do szaleństwa i nabiera cech iście szatańskich [...] Praca w tutejszym odcinku jest ciężka, trudna. Z jednej strony sekciarstwo spotęgowane w swej akcji propagandowej jeszcze sprzed wojny, z drugiej wschodnie bezbożnictwo, na ziemię naszą naleciało, odnosząc się do Kościoła, do spraw religii objawionej już nie obojętnie, ale ze specjalnie hodowaną złośliwością i nienawiścią do wszystkiego, co tchnie duchem Bożej prawdy" - pisał ks. Bzawski w liście do kurii.

Ksiądz Rapacz w czasie wojny współpracował z Armią Krajową, później pomagał żołnierzom ukrywającym się przed UB. Nie godził się z powojenną rzeczywistością. Mówił odważnie, co o niej myśli. Przed zbliżającym się referendum komuniści wzmogli terror. Ksiądz Rapacz otrzymywał coraz częstsze pogróżki. O planach jego zamordowania mówiono nawet podczas zebrania PPR w Trzebini. Jeden z jego uczestników doniósł o tym kapłanowi. Przyjaciele nakłaniali go do wyjazdu. Tuż przed północą 11 maja 1946 r. na plebanię przyszła grupa mężczyzn. Przedstawili się jako partyzanci i zostali wpuszczeni. Kilka godzin później kapłan już nie żył.

2 czerwca 1946 r. wyznaczony na tymczasowego administratora w Płokach ks. Leon Bzawski pisał do księcia biskupa Sapiehy: "ks. Michał padł jako ofiara bandy bezbożniczej spod znaku dzisiejszego tajnego aktywu PPR. Ten tajny aktyw PPR miał właśnie ostatnio wydać aż 12 wyroków śmierci na księży i dobrych katolików, podejrzewanych o "wrogie" nastawienie do demokracji dzisiejszej. Przeto ten tajny aktyw PPR-owski odbywa tajne sądy kapturowe, na których zapadają decyzje wyroków śmierci pewnych osób, które mają wpływ i głos poważny w społeczeństwie. W wielu wypadkach - jak słyszymy - PPR-owcy pochwalają ten mord, na ks. Michale dokonany za to, że wdawał się w "politykę"".

Tę wersję, jako najbardziej prawdopodobną, potwierdzają dotychczasowe badania i relacje mieszkańców Płok. Mord na ks. Rapaczu nie był jedynym, jakiego dokonano wtedy w powiecie chrzanowskim. W nocy z 1 na 2 lipca 1946 r. "nieznani sprawcy" ranili sekretarza Zarządu Powiatowego PSL, strzelając i wrzucając do jego mieszkania dwa granaty. We wrześniu w lesie znaleziono zwłoki uprowadzonego dwa dni wcześniej działacza PSL, Franciszka Cempiry, którego zamordowano strzałem w tył głowy. W nocy z 6 na 7 września 1946 r. "nieznani sprawcy" postrzelili śmiertelnie proboszcza parafii w pobliskim Libiążu, ks. Franciszka Flasińskiego. W toku prowadzonego śledztwa ustalono owych sprawców, którymi okazali się trzej funkcjonariusze Urzędu Bezpieczeństwa: Czesław Saternus, Zbigniew Karkula i Mieczysław Mendyk. W Libiążu przebywali na urlopie...